Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2007 m. balandžio 11 d. įsakymas Nr.D1-204  „Miško  sanitarinės  apsaugos  taisyklės“ (www.am.lt , el. paštas: apsauga@mi.lt ) - nustato miško sanitarinės apsaugos nuo kenksmingų biotinių, abiotinių ir antropogeninių veiksnių pagrindinius reikalavimus, siekiant reguliuoti ligų ir kenkėjų skaičių, vykdyti jų masinio dauginimosi židinių prevenciją ar juos naikinti.  

Miško  sanitarinė   apsauga (ligos- nuo vabzdžių –kenkėjų)

Didžiausia problema urėdijos miškuose yra bloga uosynų sanitarinė būklė. Dėl masinio uosynų džiūvimo, 2010 metais plynais sanitariniais kirtimais iškirsta 75,4 ha uosynų, atrankiniais sanitariniais kirtimais - 502 ha uosynų. 2011 metais plynais sanitariniais kirtimais planuojama iškirsti  32,9 ha uosyno.
2010 metais miškų urėdijos miškuose 100 ha plote buvo pastebėti eglinio skydamario židiniai, iš jų labiausiai pakenktas 0,9 ha plotas buvo iškirstas sanitariniais kirtimais. Vykdant miškų sanitarinę apsaugą miškuose buvo išdėstyta  100 ktm vabzdžiagaudžių medžių, įsigytos ir išdėstytos  110 vnt feromoninių gaudyklių žievėgraužiams.

Miško  želdinių  ir  žėlinių priežiūra,  apsauga  nuo  žvėrių 

Miško želdinių ir žėlinių priežiūra  2010 metais buvo atlikta 414,3 ha plote, iš jų 236,9 ha plote iškertant stelbiančią želdinius augaliją. 100 ha plote buvo atlikti želdinių apsaugos repelentais nuo žvėrių daromos žalos darbai. Lyginant su 2009 metais želdinių priežiūros darbų apimtys iškertant stelbinančią augaliją padidėjo 99 procentais, o želdinių ir žėlinių apsaugos nuo žvėrių daromos žalos padidėjo 78 procentais.
Miškininkai taip pat stengiasi apsaugoti želdinius bei jaunus medynus nuo kanopinių žvėrių aptverdami juos tvoromis, o ąžuoliukus apgaubia specialiais skydeliais (žalias plastikas nuo graužimo ir trynimo ragais). 

Stichinių  nelaimių  padariniai

2005 m. sausio mėnesyje praūžęs uraganas „ Ervinas“ urėdijos miškams pridarė gana daug žalos, nuostolių. Medžiai buvo išversti 107 ha plote. 2006 metais pavasarį apsodinta  97,4 ha uragano plynai iškirstų medynų. 2007 metais vasario 27 d. urėdija ir Nacionalinio mokėjimo agentūra pasirašė sutartį dėl parengto projekto „Ervino uragano paveiktų miškų atkūrimas Joniškio miškų urėdijoje“ finansavimo ir 2007 metais įgyvendino projektą.
		2005 m. sausio mėnesyje uragano  "Ervinas"  nuniokoti miškai Skaistgirio girininkijoje.

Priešgaisrinė  miško  apsauga

Urėdija, įgyvendindama  Valstybinę miškų priešgaistrinės apsaugos programą, patvirtintą Lietuvos Respublikos aplinkos ministro 2002 m. kovo 4 d. įsakymu Nr. 91 (žin., 2002, Nr.28-1004) ;www.am.lt ; ir vadovaudamasi  Generalinės miškų urėdijos  prie Aplinkos ministerijos (www.gmu.lt ) nuostatų, patvirtintų Lietuvos respublikos aplinkos ministro 2007 m. birželio 27 d. įsakymu Nr. D1-364 (Žin.,2007,Nr.75-2993), 8.7 punktu ir siekdama užtikrinti miško apsaugą nuo gaisrų, organizuoja priešgaisrinių priemonių įgyvendinimą ir palaikymą miškuose, nepaisant  jų  nuosavybės formos - valstybiniuose ir privačiuose miškuose.
2007 - 2010  metais urėdijos  administruojamuose  miškuose miško gaisrų buvo išvengta. 
2010 metais balandžio 26 d. Mikaičių girininkijoje kilo  0,42 ha ploto gaisras privataus miško savininko miško plote.  Gaisro priežastis - senos žolės deginimas, kaltininkas išaiškintas ir nubaustas  1000,00 Lt  administracine bauda.  

Miško  pažaidos (nusikalstamos žmonių veiklos)

Stiprinant miškų apsaugą nuo savavališkų kirtimų bei kitų aplinkosaugos reikalavimų pažeidimų, urėdijoje yra sudaryta mobili miško apsaugos grupė, kuri dirba kartu  su  Šiaulių RAAD (www.srd.am.lt), Joniškio rajono agentūros inspektoriais. 
2010 metais miškų urėdijos miškuose užfiksuoti 2 savavališki kirtimai, kurių metu neteisėtai iškirsta 14,8 ktm medienos. Abiejų neteisėtų kirtimų vykdytojai išaiškinti. Žala išieškota. Jie nubausti administracinėmis baudomis. Pagamintos produkcijos grobimo atvejų nepasitaikė.

Kelių  įrengimas,  priežiūra  ir  remontas

Urėdijoje vietinės reikšmės vidaus keliai valstybės reikšmės miškuose sudaro 99,1 km ir šiuo metu palyginti dar yra prastas miško kelių tinklas. Kiekvienais metais stengiamasi kuo daugiau nutiesti naujų miško kelių. o esamuose miško keliuose  vykdyti kelių priežiūrą. 2009 m. urėdija  atliko 130 km  važiuojamosios kelio dalies priežiūrą.     2010 m. baigtas tiesti  Satkūnų girininkijos miško kelias ir kelių priežiūros darbai vykdyti  130 km ilgio ruože urėdijos nuosavomis lėšomis. Panaudojant Kelių priežiūros ir plėtros lėšas, atliktas 2,4 km kelio paprastas remontas. Kelių statybos ir rekonstravimo darbai 2010 metais nebuvo vykdyti.    Keliai - miškų arterijos. Jie būtini miškų urėdijos veiklai: sanitarinei, priešgaistrinei miško apsaugai užtikrinti, paruoštai medienai išgabenti. Keliai svarbūs ir atokiausių kaimų, vienkiemių gyventojams, privačių miškų savininkams ir visiems, kas lankosi miške.