VĮ Joniškio miškų urėdijos miškuose daug istorijos, gamtos, kultūros paminklų, kuriuos šiandienos miškininkai su meile ir pagarba prižiūri.

Urėdijos administruojamų valstybinių miškų plotuose saugomos teritorijos užima 4,9 tūkst.ha miško žemės ploto, kur ribojama ūkinė veikla ir pirmenybė teikiama gamtosaugai, gyventojų rekreaciniams-estetiniams poreikiams tenkinti.

Urėdijos miško žemių plotuose prižiūrima Žagarės regioninio parko išskirtos funkcinės zonos (draustiniai): Žagarės botaninis-zoologinis draustinis (843,5 ha), Dilbinėlių botaninis draustinis (68,5 ha), Didmargio botaninis draustinis (28,4 ha). Urėdijos miškininkai bendradarbiauja su Žagarės regioninio parko direkcija, vykdo bendrus projektus.

Urėdijos administruojamoje teritorijoje be Žagarės regioninio parko (3017 ha) yra Pabalių botaninis (49 ha) ir Mūšos tyrelio telmologinis (1449 ha) valstybiniai draustiniai (1498 ha), Eglynlaukio botaninis (33 ha) ir Satkūnų botaninis (106 ha) vietos (savivaldybės) reikšmės draustinis, III grupės apsauginiai miškai (2781 ha).  

Urėdijos miškininkų priežiūroje ir apsaugoje randasi valstybės saugomi botaniniai gamtos paveldo objektai: Beržynės ąžuolas, Dvikamienis ąžuolas, Maldenių ąžuolas, Žeimių vinkšna, Taučiūnų liepa, Tyrelio akmuo,  Žagarės miško veimutinė  pušis. 

Urėdijos miškininkai vykdo kertinių miško buveinių (retų ir nykstančių rūšių išlikimui) ir Europinės svarbos saugomų teritorijų tinklo „Natura 2000“ projektus: “Dėl laukinių paukščių apsaugos“ ir „Dėl natūralių buveinių bei laukinės faunos ir floros apsaugos“. Vietovių parinkimą koordinuoja Aplinkos ministerijos Gamtos apsaugos departamentas (www.gamta.lt), bendradarbiaudamas su Miškų departamentu ir Valstybine saugomų teritorijų tarnyba (www.vstt.lt).