Valstybės įmonė Joniškio miškų urėdija Joniškio miesto savivaldybėje įregistruota  1991 m. kovo 28d., o  2004 m. gruodžio 27d. urėdija perregistruota Valstybės įmonėje Registrų centras. Registracijos numeris 047895. Įmonės kodas 57671799.
Buveinė Beržininkų k., Joniškio raj. Įmonės savininko teises ir pareigas įgyvendinanti institucija yra Generalinė miškų urėdija (www.gmu.lt) prie Aplinkos ministerijos (www.am.lt).

Miškų urėdija prižiūri ir rūpinasi - 19,2 tūkst.ha valstybinės reikšmės miškais (17,4 tūkst.ha-Joniškio rajone, 1,8 tūkst.ha –Šiaulių rajone), 0,9 tūkst.ha rezervuotais nuosavybės teisės atstatymui ir iki šiol neprivatizuotais miškais, o taip pat 5,1 tūkst.ha privačiu miško žemės plotu.

Šiandiena urėdijos valstybės reikšmės miškai priskirti 6 girininkijoms: Beržėnų, Joniškio, Mikaičių, Satkūnų, Skaistgirio ir Žagarės. Vidutinis girininkijos valstybinės reikšmės miškų plotas – 3200 ha. Girininkijos padalintos į eiguvas, kurių urėdijoje yra 20. Vidutinis eiguvos plotas – 1130 ha. 

Urėdijos administruojamuose miškuose didžiausią medynų dalį sudaro lapuočių medynai- 56% (beržynai -26,8 %, juodalksnynai- 5,5 %, uosynai-12,4%, baltalksnynai -6,3 %, ąžuolynai -0,5 %, drebulynai -4,4 %).Urėdijoje spygliuočių medynai sudaro-44 % (eglynai -38,5 %, pušynai -5,5%) ir kiti medynai–0,1%.

Urėdijai planingai ir racionaliai ūkininkaujant, pagerėjo medynų rūšinė sudėtis, jų našumas, padaugėjo brandžių medynų. Vidutinis medynų amžius – 49 metai. Urėdijos teritorijos miškingumas Joniškio rajone - 18,3%. Didžiausi miškai –Tyrelio, Žagarės, Didmiškio – Jurdaičių, Girkančių, Satkūnų.

Urėdijos miškai pagal ūkininkavimo režimą ir funkcinę paskirtį skirstomi į grupes: 1. I grupė - rezervatiniai miškai (nėra); II grupė - specialios paskirties miškai (12 %); III grupė - apsauginiai miškai (13% ); IV grupė - ūkiniai miškai ( 75 %), kuriuose  brandi mediena nukertama ir parduodama, o už ją gautos lėšos panaudojamos miškams atkurti, saugoti nuo gaisrų ir ligų, pritaikyti miškus žmonių poilsiui, keliams tiesti ir  kitiems  darbams.

2007 metais VĮ Joniškio miškų urėdijoje baigta vykdyti vidinė miškotvarka. Urėdijos vidinės miškotvarkos projektas patvirtintas LR Aplinkos ministro įsalymu 2008 m. spalio 13d. Nr. D 1 - 529 (www.am.lt -" Aplinkos ministro įsalymai - 2008").

2008 metais urėdijoje pradėti valstybinės reikšmės miškų valdymo registravimo darbai. 2010 metais baigtos parengti ir pateiktos teritoriniams žemėtvarkos skyriams kadastrinių matavimo bylos. Valstybės vardu Nekilnojamo turto registre įregistruota 9,5 tūkst. ha miško žemės sklypų.